แม่น้ำโขงมีต้นกำเนิดมาจากการละลายของน้ำแข็งและหิมะบริเวณที่ราบสูงทิเบตในบริเวณตอนเหนือของประเทศทิเบตและบริเวณมณฑลชิงไห่ของประเทศจีน ซึ่งเป็นแหล่งกำเนิดของแม่น้ำที่สำคัญอีก 2 สาย คือ แม่น้ำแยงซี และแม่น้ำสาละวิน แม่น้ำโขงช่วงที่ไหลผ่านประเทศจีนชาวจีนเรียกว่า “แม่น้ำหลานชางเจียง” (Lancang Jiang) ไหลผ่านภูเขาและที่ราบสูงในประเทศจีน ผ่านมณฑลยูนนานเข้าสู่สาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว สาธารณรัฐแห่งสหภาพเมียนมาร์ และประเทศไทย บริเวณ “สามเหลี่ยมทองคำ” ที่อำเภอเชียงแสน จังหวัดเชียงราย ไหลเป็นเส้นแบ่งเขตระหว่างประเทศไทยกับ สปป.ลาว ผ่านจังหวัดเชียงราย เลย หนองคาย บึงกาฬ นครพนม มุกดาหาร อำนาจเจริญ และอุบลราชธานี เป็นระยะทาง 1,520 กิโลเมตร แล้วไหลเข้าสู่ สปป.ลาว และกัมพูชา ก่อนไหลลงสู่ทะเลจีนใต้ที่ประเทศเวียดนาม รวมความยาวทั้งสิ้น 4,880 กิโลเมตร ครอบคลุมพื้นที่รับน้ำในลุ่มน้ำ 795,000 ตารางกิโลเมตร หรือ 496.875 ล้านไร่
แม่น้ำโขง จึงถือได้ว่าเป็นแม่น้ำนานาชาติที่ไหลผ่านถึงหกประเทศ
ลุ่มแม่น้ำโขงสามารถแบ่งพื้นที่ออกเป็น 2 ส่วน คือ ลุ่มน้ำโขงตอนบน (Upper Mekong Basin) และลุ่มน้ำโขงตอนล่าง (Lower Mekong Basin) โดยลุ่มน้ำโขงตอนบนเริ่มตั้งแต่ต้นกำเนิดของแม่น้ำโขงในประเทศทิเบต และประเทศจีน ส่วนลุ่มน้ำโขงตอนล่างเริ่มตั้งแต่มณฑลยูนนานในประเทศจีนไหลผ่านประเทศ เมียนมาร์ ไทย สปป.ลาว กัมพูชา และเวียดนาม ก่อนลงสู่ทะเลจีนใต้
ลุ่มน้ำโขงตอนล่าง (Lower Mekong Basin) ครอบคลุมพื้นที่ใน 4 ประเทศ คือ ไทย ลาว กัมพูชา และเวียดนาม เป็นทั้งแหล่งน้ำ แหล่งโปรตีน แหล่งพันธุ์ปลา พันธุ์พืช และสัตว์น้ำหลากหลายสายพันธุ์ ซึ่งหล่อเลี้ยงผู้คนมากกว่า 60 ล้านคน เป็นแหล่งโปรตีนของผู้คนในภูมิภาคลุ่มน้ำโขงมากถึงร้อยละ 47-80 โดยมีมูลค่าการทำประมงต่อปีอยู่ที่ 127,000 – 231,000 ล้านบาท
ตำนานความเชื่อ
คนไทยใหญ่ และคนลาวมีความเชื่อเกี่ยวกับพญานาค หรืองูขนาดใหญ่ที่มีฤทธิ์มาก ว่าอาศัยอยู่ในแม่น้ำโขง ตำนานพญานาคที่เกี่ยวข้องกับแม่น้ำโขงก็เช่น ตำนานวังนาคินทร์คำชะโนด นอกจากนี้ ทุกวันออกพรรษาจะมีประชาชนจำนวนมากไปเยือนริมฝั่งแม่น้ำของในประเทศไทย แถบอำเภอโพนพิสัย จังหวัดหนองคาย เพื่อดูปรากฏการณ์บั้งไฟพญานาค ซึ่งสร้างรายได้ให้แก่จังหวัดเป็นอย่างมาก จังหวัดที่มีปรากฏการณ์บั้งไฟพญานาคที่มีประชาชนนิยมไปเฝ้าดูมากที่สุด คือ จังหวัดหนองคาย ซึ่งในช่วงระยะเวลาหลายปีที่ผ่านมา มีกลุ่มนักวิจัยจากหลายสถาบันได้ออกมาชี้ชัด หรือหาหลักฐานอธิบายปรากฏการณ์ดังกล่าว ว่าเกิดจากกลุ่มก๊าซธรรมชาติที่มีอยู่ในแม่น้ำโขง อาทิเช่น ก๊าซมีเทน เป็นต้น แต่ก็ยังมิได้มีหลักฐานชี้ชัดเป็นที่แน่นอน ว่าเหตุการณ์ดังกล่าว เกิดจากการกระทำของพญานาค หรือ เกิดจากการกระทำของธรรมชาติ
ตำนานของแม่น้ำโขงและแม่น้ำสาละวิน
ชาวไทยใหญ่เล่ากันว่า กาลครั้งหนึ่งนานมาแล้ว…เมื่อแผ่นดินยังไม่มีสายน้ำ น้ำของและน้ำคงเป็นเพื่อนรักกัน ทั้งสองอาศัยอยู่บนแผ่นดินที่ราบสูงทิเบต วันหนึ่งทั้งสองแข่งขันกันว่าใครจะเดินทางไปถึงทะเลก่อนกัน แต่มีข้อแม้ว่าการเดินทางจะต้องผ่านหุบเขาและที่ราบ ห้ามเดินทางลัดภูเขาการเดินทางไปสู่ทะเลเริ่มต้นขึ้น เส้นทางของทั้งสองแทบขนานกันแต่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิง
น้ำของเดินทางไปเรื่อยๆ มุ่งใต้ผ่านหุบเขาแห่งที่ราบสูงฉานฝั่งตะวันออก และยึดมั่นในข้อตกลง ไม่ไหลตัดผ่านภูเขา น้ำของเดินทางผ่านหุบเขา ที่ราบสูง และที่ราบลุ่มมากมาย จนกระทั่งถึงทะเลจีนใต้ที่เวียดนามเส้นทางที่ไหลผ่านได้กลายมาเป็น “แม่น้ำโขง” สายน้ำที่ยาวที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เนื่องจากสายน้ำโขงไหลผ่านหุบเขาและที่ราบ สีของแม่น้ำโขงจึงเป็นสีขุ่น สีปูน หรือสีน้ำซาวข้าว
ขณะที่น้ำคงที่มุ่งลงใต้เช่นกัน แต่กลับเดินทางตัดผ่านภูเขาลูกแล้วลูกเล่า ก่อนที่จะผ่านที่ราบเพียงเล็กน้อยและไหลลงทะเลอันดามันที่อ่าวเมาะตะมะเส้นทางที่น้ำคงไหลผ่านนั้น ได้กลายมาเป็น “แม่น้ำคง” ที่ชาวบ้านในท้องถิ่นเรียกกันหรือ “แม่น้ำสาละวิน” ที่เพี้ยนมาจากคำว่า “ตาลวิน” ในภาษาพม่า แม่น้ำสาละวินเป็นสายน้ำที่ใหญ่เป็นอันดับสองในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ รองจากแม่น้ำโขงเนื่องจากคงไหลตัดผ่านภูเขา น้ำสาละวินจึงมีสีเขียวมรกตไม่ค่อยขุ่นข้น
น้ำของแพ้น้ำคงเพราะใช้เวลาและระยะทางในการเดินทางไปถึงทะเลมากกว่า เมื่อน้ำของรู้ว่าเพื่อนไม่สื่อสัตย์ จึงโกรธแค้นและสาปแช่งว่า “วันใดที่เจอกับคง แผ่นดินจะลุกไหม้ด้วยไฟประลัยกัลป์”ความโกรธแค้นนี้ ทำให้มีเรื่องเล่ากันว่า หากนำน้ำจากแม่น้ำโขงกับแม่น้ำสาละวินมาใส่รวมกัน น้ำจะกลายเป็นสีเลือด