การหยั่งรากของคริสตจักร ในสยาม เกิดขึ้นเมื่อ 500 ปีที่แล้ว โดยสมเด็จพระสันตะปาปาเคลเมนต์ที่ 9 ส่งคณะมิสซังแรกของคณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีส จึงมีมิชชันนารีเดินทางมาสู่สยาม และการสถาปนามิสซังสยามอย่างเป็นทางการ เริ่มเมื่อ พ.ศ.2212 ในสมัยกรุงศรีอยุธยา
ย้อนไปในปี พ.ศ. 2209 คณะมิสซังได้ขอพระราชทานที่ดิน ริมคลองด้านท้ายเกาะเมือง สร้างเป็นเรือนไม้สองหลัง ก่ออิฐด้านล่าง ยกพื้นสูงเพื่อป้องกันน้ำท่วม หลังคามุงกระเบื้อง อาคารที่สองหลังคาทำด้วยดินเผาเพื่อกันไฟ นี่คือบ้านของพระเจ้าหลังแรก และที่สำคัญที่ยังคงอยู่ถึงปัจจุบันแม้จะเปลี่ยนแปลงตามกาลเวลา ถูกไฟแห่งศึกสงครามทำลายลง แต่กลับสร้างขึ้นใหม่อาคารเหล่านี้ทำหน้าที่เป็นโบสถ์ที่ชั้นบนเป็นที่สอนศาสนาและเป็นห้องพักของบาทหลวง
บันทึกของบาทหลวงในเวลานั้น เล่าว่า “วัดนี้มีนักเรียนจากนานาประเทศเข้าศึกษา การจัดการดีมาก นักเรียนชาวญวนและเขมรอ่านภาษาละตินได้ดี มีไทยและมอญด้วย
กิจการเจริญดี น่าจะได้ก่อสร้างแบบก่ออิฐถือปูนในอนาคต”
วัดนักบุญยอแซฟ ถือเป็นศูนย์กลางของคริสตชนชาวสยามในสมัยกรุงศรีอยุธยา ในยามสงบเป็นศูนย์กลางในการสอนศาสนา ในยามสงครามรู้จักในนาม “ค่ายนักบุญยอแซฟ” โบสถ์จึงได้ถูกเผาทำลายและถูกปล้นสะดมทรัพย์สินไปหมด บาทหลวงฌ็อง บาติสต์ ปาลกัว จึงได้กลับมาบูรณะโบสถ์อีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2374 โฉมหน้าของวัดที่เราเห็นในทุกวันนี้ เกิดขึ้นจากการปรับปรุงในปี พ.ศ. 2426 ด้วยฝีมือของสถาปนิกชาวอิตาเลียน โจอาคิม แกรซี ออกแบบด้วยสถาปัตยกรรมแบบฟโรมาเนสก์
การเผยแผ่คริสต์ศาสนา โดดเด่นชัดเจนที่สุดในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช โดยสันตะสำนักแห่งกรุงโรมเมื่อกว่า 350 ปีจุดเริ่มต้นในวันนั้น ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงมากมายทั้งการศาสนา การแพทย์ การศึกษาศิลปะวิทยาการ มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงทางการเมือง การทูต และการค้า จุดเริ่มต้นแห่งการก้าวเดินในวันนั้น จากกรุงศรีอยุธยา สู่กรุงธนบุรี และกรุงรัตนโกสินทร์ ทำให้เกิดความเปลี่ยนแปลงมากมาย
การเสียกรุงศรีอยุธยาแก่พม่าครั้งที่ 2 เป็นการสูญเสียที่ยิ่งใหญ่สำหรับประเทศสยามและสำหรับพระศาสนาจักรในประเทศสยามเอง พระสังฆราช พระสงฆ์ทุกองค์ นักบวชทุกรูป และคริสตศาสนิกชนส่วนใหญ่ถูกกวาดต้อนไปอยู่ประเทศพม่า บางคนได้ไปอยู่ประเทศเวียดนาม รอโอกาสที่จะกลับประเทศสยาม คุณพ่อกอร์ จากคณะมิสซังต่างประเทศได้รอโอกาสอยู่ในประเทศเวียดนาม และท่านได้กลับมาที่บางกอกในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1769/พ.ศ. 2312 ได้พบคริสต์ชนประมาณหนึ่งร้อยคนพร้อมกับกลุ่มนี้ ท่านได้เริ่มสร้างพระศาสนจักรอีกครั้งหนึ่ง สมาชิกคณะมิสซังต่างประเทศได้อบรมบรรดาชายหนุ่ม เพื่อให้เขาบวชเป็นพระสงฆ์ ได้อบรมสั่งสอนให้ดำเนินชีวิตแบบนักบวช ด้วยความร่วมมือของพระสงฆ์ชาวสยาม หญิงสาวรักกางเขนและครูคำสอนได้ร่วมกันก่อตั้งกลุ่มคริสตชนขึ้นมา คณะมิสซังต่างประเทศแห่งกรุงปารีสอยู่ในประเทศไทยเป็นเวลายาวนานถึง 340 ปี