เรื่องพระนามของพระมเหสีของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชมีการบันทึกไว้หลายแบบ ในคำให้การขุนหลวงหาวัด พบชื่อมณีรัตนา ครั้งแรก … พระนเรศร์นั้นก็เข้าไปกรุงศรีอยุธยา ก็เสด็จขึ้นสู่พระราชฐาน อันอัครมหาเสนาบดีและมหาปุโรหิตทั้งปวงจึงทำการปราบดาภิเษก แล้วเชื้อเชิญขึ้นในเสวยราชสมบัติจึงถวายอาณาจักรเวนพิภพแล้ว ทั้งเครื่องราชาธูปโภคทั้งปวงอันครบครันแล้วจึงถวายพระนามใส่ในพระสุพรรณบัฏสมญา แล้วฝ่ายกรมในจึงถวายพระมเหสีพระนามชื่อนั้นว่า … พระมณีรัตนา
จดหมายเหตุวันวลิต หรือ เยเรเมียส ฟาน ฟลีต ชาวฮอลันดา บันทึกพระนามของมเหสีม่ายพระองค์หนึ่งของสมเด็จพระนเรศวร ที่สะกดตามอักขรวิธีดัตช์ว่า Tjau Croa Mahaditjan คนแปลภาษาอังกฤษและฝรั่งเศสได้บันทึกเป็น "Zian Croa Mady Tjan พระนามพระมเหสีจึงมาเป็น มณีจันทร์
บางความเห็นยังเชื่อว่าเจ้านางมณีจันทร์ กับเจ้านางมณีรัตนา อาจเป็นองค์เดียวกัน หรือ เป็น คนละองค์
ในพงศาวดารหลายฉบับ บันทึกเรื่องราวของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชโดยเน้นไปที่วีรกรรมยุทธหัตถี ปรากฎเรื่องราวเกี่ยวกับพระมเหสีน้อยมาก แต่หามองหาข้อมูลไปที่จดหมายเหตุของชาวต่างชาติที่เข้ามาในกรุงศรีอยุธยาช่วงนั้น มีข้อความยืนยันว่า สมเด็จพระนเรศ มีพระมเหสี และมีพระราชโอรสด้วย จดหมายเหตุสเปนชื่อ History of the Philippines and Other Kingdom บันทึกโดย บาทหลวงมาร์เซโล เด ริบาเดเนอิรา เขียนในปีพ.ศ. 2139 เรียบเรียงจากคำบอกเล่าของบาทหลวงนิกายฟรานซิสกันที่เดินทางเข้ามาพำนักยังพระนครศรีอยุทธยาในพ.ศ. 2125 กล่าวถึง “พระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุด” ของพระเจ้าแผ่นดิน ว่า
บาทหลวงนิกายฟรานซิสกันได้เห็นพระเจ้าแผ่นดินประทับในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งประดับประดาแล้วล้วนไปด้วยพระปฏิมากรเพื่อจะเสด็จพระราชดำเนินเยือนพระอารามแห่งหนึ่ง มีเรือสี่ลำแล่นล่วงหน้าไปก่อนเรือพระที่นั่ง เพื่อเป็นการค้ำประกันความปลอดภัยของพระเจ้าแผ่นดิน เรือเหล่านี้บรรทุกผู้คนเป่าแตรเงินเล็ก ๆ เพื่อป่าวประกาศการเสด็จพระราชดำเนินถึง บรรดาเรือล้วนมีรูปทรงวิจิตรพิสดารและแกะสลักอย่างน่าพิศวงด้วยรูปปฏิมาประดับประดาอย่างหรูหรา ก่อเกิดความรู้สึกประทับใจถึงโขลงช้างที่ลอยเหนือน่านน้ำ ด้วยเรือเหล่านี้ลอยเลื่อนไปเบื้องหน้าและท้ายเรือโลดทะยาน
เรือสี่ลำเหล่านี้หยุดที่พระอารามแห่งหนึ่งบนชายฝั่ง เพราะพวกเขาคาดหมายว่า พระเจ้าแผ่นดินจะเสด็พระราชดำเนินเพื่อทรงเจริญพระพุทธมนต์และทรงบำเพ็ญพระราชกุศล ตามติดมาอย่างใกล้ชิด ….. เรือแต่ละลำมีข้าราชการชั้นผู้ใหญ่แห่งราชสำนัก 1 คน แล้วจากนั้นเป็นพระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุดในพระเจ้าแผ่นดินที่เสด็จปรากฏพระองค์ในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งอย่างหรูหรามาก ตามติดมาเป็นสมเด็จพระอัครมเหสีและสาวสรรกำนัลในสมเด็จพระอัครมเหสีประทับแต่เพียงลำพังพระองค์และบรรดานางกำนัลนั่งในเรือลำอื่นที่ตกแต่งอย่างน่าอัศจรรย์ …
เชื่อได้ว่า เจ้านางมณีจันทร์ หรือเจ้านางมณีรัตนา มีพระชนม์ยืนยาวต่อมา หลังจากสมเด็จพระนเรศวรมหาราชเสด็จสวรรคตแล้ว โดยทรงเสด็จออกมาประทับนอกวังในภายหลัง ส่วนใหญ่จะทรงศีล หรืออออกบวช พระองค์ยังเป็นที่เคารพของพระบรมวงศานุวงศ์ในชั้นหลัง มีการบันทึกไว้ถึงพระองค์ว่า … พระราชพงศาวดารฯ พระจักรพรรดิพงศ์ (จาด)เมื่อสมเด็จพระเจ้าปราสาททองยังมีพระยศเป็นจมื่นศรีสรรักษ์ ได้ไปก่อเหตุทำร้ายพระยาแรกนา ทำให้สมเด็จพระเอกาทศรถทรงพระพิโรธ มีรับสั่งให้จับไปขังคุก 5 เดือน แต่เจ้าขรัวมณีจันทร์ทรงมาทูลขอพระราชทานอภัยโทษแทน จมื่นศรีสรรักษ์จึงได้รับพระราชอภัยโทษออกมารับราชการตามเดิม …
คำว่า เจ้าขรัว มีสองความหมาย ถ้าพูดถึงพ่อค้าหรือขุนนางเชื้อสายจีน หมายถึง คำยกย่อง เจ้าสัว อย่าง เจ้าขรัวเงิน เจ้าขรัวหงส์ อีกความหมายคือ คำเรียกย่าหรือยายของสมเด็จเจ้าฟ้า ผู้ที่ไม่ได้เป็นเจ้าจอมมารดา หากมีเจ้าขรัวมณีจันทร์ ก็อาจะเป็นไปได้ว่าเจ้านางมณีจันทร์ได้ออกบวชในภายหลัง และยังเป็นผู้ที่พ่ออยู่หัวเกรงใจถึงขนาดที่ไปขอผ่อนพระราชอาญาได้